好氧生物处理法对易腐垃圾进行集中处理，具体为在好氧条件下，借助好氧微生物的生命活动过程降解易腐垃圾中的有机物质。在好氧处理过程中，有机物中的可溶性小分子有机物质透过微生物的细胞壁和细胞膜为微生物所吸收和利用，其中不溶性的大分子有机物则先附着在微生物的体外，由微生物所分泌的胞外酶分解为可溶性的小分子物质，再输送到微生物细胞内为微生物所利用。通过微生物的生命活动，把一部分被吸收的有机物氧化为简单的无机物， 并提供微生物繁殖所需的能力，并把另一部分有机物质转化为新的细胞物质，供微生物繁殖所需。

有机废物的好氧转化过程一般可用反应方程式描述：

有机物+O₂           新细胞物质+残留有机物+CO₂+H₂O+NH₃+SO₄²¯+……+能量

好氧降解共经历三个阶段：中温阶段、高温阶段和降温阶段。

中温阶段至好氧降解的初期，嗜温性微生物较为活跃，温度一般为 15~45℃ 主要以易腐垃圾中的糖类和淀粉类等可溶性有机物为基质，进行自身的新城代谢活动，该过程持续时间较短，糖、淀粉等基质不可能全部降解，所产生的后生动物为数不多，主发酵主要在高温阶段。

温度上升至 45℃以上即进入高温阶段，在这一阶段，嗜温性微生物受到抑制甚至死亡，嗜热性微生物成为主体，堆肥中残留的和新生的可溶性有机物质继续被氧化分解，堆肥中复杂的有机物如半纤维素、纤维素和蛋白质也开始被快速分解，本项目堆肥最佳温度为 55℃，在此温度区间，嗜热性微生物最为活跃，最易分解有机物质。微生物在高温阶段主要经历对数生长期、减速生长期和内源呼吸期，在经历了 3 个阶段的变化后，堆积层内开始生成与有机物分解相对应的另一过程，即腐殖质的形成过程，堆肥物质逐步趋向稳定化状态。

在堆肥的后期，堆肥原料中的残余部分为较难分解的有机物质和新形成的腐殖质。此时微生物活性下降，发热量减少，温度下降，待堆肥进入腐熟阶段，需氧量大为减少，含水率也有所降低，堆肥过程基本完成。